Valitsus otsustas 9. juunil kabinetinõupidamisel, et Eesti on vastavalt võimalustele valmis vabatahtlikult vastu võtma piiratud arvu põgenikke, kuid ei nõustu kohustuslike põgenikekvootidega.
Peaminister Taavi Rõivas ütles valitsuse kabinetinõupidamisele järgnenud pressikonverentsil, et Euroopa Komisjoni ettepanek Eestile lähtub valedest eeldustest ja see pole proportsioonis Eesti suuruse ja võimalustega. «Ettepanek on Eesti suhtes ebaõiglane ja me ei ole suutelised nii suurte inimhulkadega toime tulema,» ütles Rõivas.
Peaminister märkis, et kohustuslikud kvoodid pole Eestile vastuvõetavad ning Eestile ebaproportsionaalselt suure kohustuse panemine tekitab probleeme juurde, mitte ei lahenda neid.
Valitsusjuhi sõnul ei suhtu Eesti Vahemere põgenike probleemi ignorantselt ja on valmis aitama, kuid seda vabatahtlikult ja mitte kohustuslike kvootidega.
Ta lisas, et kohustuslikud kvoodid tekitavad Eestis vastuseisu isegi nendes inimestes, kes muidu oleksid hea meelega valmis põgenikke abistama.
Siseminister Hanno Pevkuri sõnul toetab Eesti seda, et Euroopa Liit pööraks suuremat tähelepanu inimsmugeldajate vastu võitlemisele. «Tugevdada tuleks tsiviil- ja militaarkoostööd. Keskenduda tuleks probleemi algpõhjusele ehk tegevustele kolmandates riikides, kust põgenikud tulevad,» ütles siseminister.
Sotsiaalkaitseminister Margus Tsahkna sõnul on Euroopa Komisjoni ettepaneku puhul tegemist pretsedendiga, mil riigi tahte vastaselt tahetakse sundida teatud hulka pagulasi vastu võtma. Tsahkna sõnul on siin Eesti jaoks tegemist nii-öelda punase joonega ja sellist kohustust ei saa lasta endale peale sundida.
Tsahkna lisas, et Eestil on olemas oma pagulaspoliitika ja Eesti on aastate jooksul vastavalt kehtivale korrale võtnud vastu rahvusvahelise kaitse taotlusi, neid menetlenud ja pagulastele ka varjupaika andnud.
Valitsus on seisukohal, et pagulaste vabatahtlikul vastuvõtmisel tuleb arvestada Eesti rahvastiku (0,26 protsenti Euroopa Liidu omast) ja majanduse osakaalu Euroopa Liidus (Eesti puhul 0,14 protsenti Euroopa Liidu omast) ning pagulaste soovi Eestisse ümber paikneda.
Pagulaste majutamise, toitlustamise ja kohanemise ning lõimumise teenuste kulud on võimalik suures osas katta Euroopa Liidu vahenditest, Euroopa Komisjon eraldab liikmesriigile iga pagulase kohta ühekordse toetuse 6000 eurot ning samuti on võimalik kasutada Eestile juba eraldatud välisvahendeid. Eesti riigi kanda jäävad kulud on veel täpsustamisel.
Euroopa Komisjoni 13. mail tehtud ettepaneku järgi peaks Eesti ümberasustamise (1,63 protsenti ehk 326 inimest) ja ümberpaigutamise (1,85 protsenti ehk 738 inimest) programmide raames kokku 1064 pagulast vastu võtma.
Eesti seisukohad Euroopa Liidu ümberpaigutamise ja -asustamise mehhanismide suhtes kinnitab riigikogu 12. juunil, justiits- ja siseministrite kohtumiseks 16. juunil. 25. juunil toimub Brüsselis Euroopa Ülemkogu, kus riigid ütlevad välja oma seisukoha Euroopa Komisjoni ettepaneku osas.